وفي 30 يونيو من عام 2012 استقال غوارديولا من منصب كمدير فني لنادي برشلونة بعد أن حقّق 14 لقبًا في أربع سنوات قضاها في النادي الكتلوني. ثم أعلن نادي بايرن ميونخ عن التوقيع معه رسميًا في 16 يناير 2013، ليشرف على النادي من موسم 2013-14، بعد مغادرة يوب هاينكس في يونيو من عام 2013. قضى بيب مع بايرن ميونخ 3 مواسم حقق خلالها 3 لقب الدوري الألماني 3 مرات، ولقب كأس ألمانيا مرتين، ولقب كأس السوبر الأوروبي 2013 وكأس العالم للأندية لكرة القدم 2013، بحيث أصبح مجموع ما حققه مع بايرن ميونخ 7 ألقاب. وفي 1 فبراير 2016 أعلن نادي مانشستر سيتي عن التوقيع خلفًا للمدرب التشيلي مانويل بلغريني، واستلم مهمته رسميًا في يونيو 2016.[9] وفي موسم 2017/2018 استطاع تحقيق لقب الدوري الانجليزي (البريمرليغ) وكأس الرابطة الإنجليزية مع مانشستر سيتي.